O turismo náutico cresceu assustadoramente ao longo do rio. São pelo menos, mais de dez marinas, que geram emprego e renda. O desassoreamento de sua foz é prioridade para o incremento do turismo náutico em suas margens.
O Rio Juqueriquerê também serviu como divisa entre Caraguá e São Sebastião entre 1636 e 1948, quando um decreto estadual, transferiu a divisa das duas cidades para o Rio Perequê-Mirim.
